PCR實(shí)驗(yàn)（experiment)室設(shè)計(jì)的核心問(wèn)題是如何避免感染。在實(shí)際工作中，常見(jiàn)的有以下幾種污染類型：擴(kuò)增產(chǎn)物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標(biāo)本間的污染。由于一旦發(fā)生污染，實(shí)驗(yàn)就必須停止，直到找到污染源為止，而且實(shí)驗(yàn)結(jié)果必須作廢，需重新進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。所以發(fā)生污染后再圍繞(circumfuse)實(shí)驗(yàn)室來(lái)尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣，浪費(fèi)人力物力。因此要避免污染，首先應(yīng)是預(yù)防，而不是排除。
實(shí)驗(yàn)室空調(diào)通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)計(jì)及壓力控制 
PCR實(shí)驗(yàn)室并沒(méi)有嚴(yán)格的凈化要求，但是為避免各個(gè)實(shí)驗(yàn)區(qū)域間交叉感染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時(shí)，要嚴(yán)格控制送、排風(fēng)的比例以保證各實(shí)驗(yàn)區(qū)的壓力要求。 2.1試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū) 
該實(shí)驗(yàn)區(qū)主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運(yùn)送至該區(qū)，不得經(jīng)過(guò)其他區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。 對(duì)與氣流壓力的控制，本區(qū)并沒(méi)有嚴(yán)格的要求。 
標(biāo)本制備區(qū) 
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作控制為樣本的保存、核酸(RN
　　A、DNA)提取、儲(chǔ)藏及其加入至擴(kuò)增產(chǎn)物 分析(Analyse)區(qū) 試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū) 
標(biāo)本制備區(qū) 擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū) 緩 沖 區(qū) 傳遞窗
本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)檎龎海员苊鈴泥徑鼌^(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會(huì)發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動(dòng)。
擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū) 
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作控制為DNA擴(kuò)增。此外，已制備的DNA模板 (來(lái)自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來(lái)自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。 
本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的感染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的不必要的走動(dòng)。個(gè)別操作控制如加樣等應(yīng)在超凈臺(tái)內(nèi)進(jìn)行。
擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū) 
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為擴(kuò)增片段的測(cè)定。動(dòng)物（SPF級(jí)）實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)脊椎動(dòng)物生物安全防護(hù)實(shí)驗(yàn)室，其適用微生物范圍與同級(jí)的一般生物安全防護(hù)實(shí)驗(yàn)室相同。P2實(shí)驗(yàn)室按歸屬可分為三類：第一類是從屬于大學(xué)或者是由大學(xué)代管的實(shí)驗(yàn)室；第二類實(shí)驗(yàn)室屬于國(guó)家機(jī)構(gòu)，有的甚至是國(guó)際機(jī)構(gòu)；第三類實(shí)驗(yàn)室直接歸屬于工業(yè)企業(yè)部門，為工業(yè)技術(shù)的開(kāi)發(fā)與研究服務(wù)。生物實(shí)驗(yàn)室結(jié)構(gòu)和設(shè)施、安全操作規(guī)程、安全設(shè)備適用于主要通過(guò)呼吸途徑使人傳染上嚴(yán)重的甚至是致死疾病的致病微生物及其毒素，通常已有預(yù)防傳染的疫苗。 
本區(qū)是最主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來(lái)源，因此對(duì)本區(qū)的壓力梯度的要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免擴(kuò)增產(chǎn)物從本區(qū)擴(kuò)散至其它區(qū)域。