生物制藥實驗室通常包括兩個部分：物理和化學實驗室和微生物實驗室。實驗室規劃無菌試驗室-潔凈實驗室-生物安全實驗室的建設方案包括：建筑布局和裝修、空氣調節、給排水、氣體供應、電氣設計、集中控制、安防、施工工藝、檢測、培訓等多方面內容。實驗室凈化確保手術臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好　層流手術室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。實驗室建設不同級別的層流手術室其空氣潔凈度標準不同，例如國內標準I級層流手術室的標準為潔凈度5級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤100顆或每升空氣中≤3.5 顆。II級層流手術室的標準為潔凈度6級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。III級層流手術室的標準為潔凈度7級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤10000顆或每升空氣中≤352顆。依次類推。物理和化學實驗室使用物理和化學方法分析和測試原材料，包裝材料，中間體和成品以進行生產。結果是遵守法定要求和內部質量標準的基礎。微生物實驗室通常具有以下功能：

（1）根據《中國藥典》的要求，進行了微生物試驗方法、無菌試驗、微生物限度試驗、抗生素效價微生物試驗、青霉素酶及其活性試驗。

② 按現行《藥品生產質量管理規范》的要求，對醫藥工業潔凈室的潔凈度進行微生物測定，對無菌生產區環境日常動態監測以及生產過程中其他需要進行微生物檢測的地方，如對無菌過濾器的驗證、環境及設備消毒效果的驗證、滅菌效果的驗證、無菌藥品包裝密封性驗證中微生物挑戰性試驗等。

③ 細菌內毒素檢查、注射劑的不溶性微粒檢查，這類檢查雖不是檢查微生物，但它們對檢查環境有較高的要求，通常設在微生物實驗室。

《藥品生產質量管理規范》要求藥品生產企業應負責藥品生產全過程的質量管理和檢驗，并配備與藥品生產規模、品種、檢驗要求相適應的人員、場所、儀器、設備。在進行微生物實驗室的設計時，應了解檢驗流程、過程性質、有關標準規范的規定等，結合藥品生產企業生產品種、檢驗工作量的大小合理布置相應的微生物檢驗功能間。在藥品的微生物學檢驗中，為了保證檢測結果的準確、可靠，針對微生物學檢驗產生影響的幾種因素需要采取相應的

措施，通常為以下幾種：

① 藥品本身的抑菌性或藥品中防腐劑的抑菌性。它們會掩蓋無菌藥品已受污染的事實或造成低于實際污染水平的菌檢結果。通常采用生長比較法，在實際檢驗條件下，通過比較對照接種試驗菌或陽性菌在有無供試品的狀態下的生長情況，來驗證供試品在該檢驗方法下的抑菌性。

② 標準菌種（試驗菌或陽性菌）制備與傳代、種類及生長狀態需符合現行《中國藥典》要求。

③ 培養基的促菌生長能力：培養基應具備廣譜性，有助于檢品中所有存活微生物的生長。通過接種不同試驗菌并觀察它們的生長狀態，進行培養基靈敏度驗證試驗。

④ 檢驗器具，如過濾系統的濾器、濾膜性質材質等性能，淋洗液、稀釋劑、培養基的無菌性及操作程序等，通常進行陰性對照試驗來檢驗其影響。

⑤ 培養條件（溫度、濕度及需氧或厭氧）及檢測環境應符合相關要求。