1、試劑儲存和準備區的功能是：

貯存試劑的制備、試劑的分裝和擴增反應混合液的準備，以及離心管、吸頭等消耗品的貯存和準備。貯存試劑和用于標本制備的消耗品等材料應當直接運送至試劑貯存和準備區，不能經過擴增檢測區，試劑盒中的陽性對照品及質控品不應當保存在該區，應當保存在標本處理區。

2、標本制備區的功能是：

核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管。對于涉及臨床樣本的操作，應符合生物安全二級實驗室防護設備、個人防護和操作規范的要求。由于在樣本混合、核酸純化過程中可能會發生氣溶膠所致的污染，可通過在本區內設立正壓條件，避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。為避免樣本間的交叉污染，加入待測核酸后，必須蓋好含反應混合液的反應管。對具有潛在傳染危險性的材料，必須在生物安全柜內開蓋，并有明確的樣本處理和滅活程序。

3、核酸擴增區的功能是：

DNA合成、DNA擴增及檢測。為避免氣溶膠所致的污染，應當盡量減少在本區內的走動。必須注意的是，所有經過檢測的反應管不得在此區域打開。

4、擴增產物分析區的功能是：

擴增片段的進一步分析測定，如雜交、酶切電泳、變性高效液相分析、測序等。核酸擴增后產物的分析方法多種多樣，如膜上或微孔板或芯片上探針雜交方法（放射性核素標記或非放射性核素標記）、直接或酶切后瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、Southern轉移、核酸測序方法、質譜分析等。

擴增產物分析區是PCR實驗室最主要的擴增產物污染來源，因此應注意避免通過本區的物品及工作服將擴增產物帶出。在使用PCR-ELISA方法檢測擴增產物時，必須使用洗板機洗板，廢液必須收集至1 mol/L HCl中，并且不能在實驗室內傾倒，而應當至遠離PCR實驗室的地方棄掉。用過的吸頭也必須放至1 mol/L HCl中浸泡后再放到垃圾袋中按程序處理，如焚燒。由于本區有可能會用到某些可致基因突變和有毒物質如溴化乙錠、丙烯酰胺、甲醛或放射性核素等，故應當注意實驗人員的安全防護。