PCR實驗（experiment)室設計的核心問題是如何避免感染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞(circumfuse)實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
實驗室空調通風系統設計及壓力控制 
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉感染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。 2.1試劑貯存和準備區 
該實驗區主要進行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送至該區，不得經過其他區域。試劑原材料必須貯存在本區內，并在本區內制備成所需的貯存試劑。 對與氣流壓力的控制，本區并沒有嚴格的要求。 
標本制備區 
該區域主要進行的操作控制為樣本的保存、核酸(RN
　　A、DNA)提取、儲藏及其加入至擴增產物 分析(Analyse)區 試劑貯存和準備區 
標本制備區 擴增反應混合物配制和擴增區 緩 沖 區 傳遞窗
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會發生氣溶膠所致的污染，所以應避免在本區內不必要的走動。
擴增反應混合物配制和擴增區 
該區域主要進行的操作控制為DNA擴增。此外，已制備的DNA模板 (來自樣本制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液等也可在本區內進行。 
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的感染，應盡量減少在本區內的不必要的走動。個別操作控制如加樣等應在超凈臺內進行。
擴增產物分析區 
該區域主要進行的操作為擴增片段的測定。動物（SPF級）實驗室實驗脊椎動物生物安全防護實驗室，其適用微生物范圍與同級的一般生物安全防護實驗室相同。P2實驗室按歸屬可分為三類：第一類是從屬于大學或者是由大學代管的實驗室；第二類實驗室屬于國家機構，有的甚至是國際機構；第三類實驗室直接歸屬于工業企業部門，為工業技術的開發與研究服務。生物實驗室結構和設施、安全操作規程、安全設備適用于主要通過呼吸途徑使人傳染上嚴重的甚至是致死疾病的致病微生物及其毒素，通常已有預防傳染的疫苗。 
本區是最主要的擴增產物污染來源，因此對本區的壓力梯度的要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免擴增產物從本區擴散至其它區域。